Sau khi chiến dịch của quân Mông Cổ kết thúc ở Khurasan, quân đội của Shah đã tan rã. Jalal ad-Din Mingburnu, người kế vị sau cái chết của Shah, bắt đầu tập hợp tàn quân ở phía nam, trong vùng thuộc Afghanistan ngày nay. Thành Cát Tư Hãn phái các lực lượng truy lùng quân đội do Jalal al-Din tập hợp, và hai bên chạm trán ở thị trấn Parwan vào mùa xuân năm 1221. Cuộc đụng độ này là một thất bại nhục nhã đối với các lực lượng Mông Cổ. Thành Cát Tư Hãn nổi giận, tự mình cầm quân tiến về phía nam, và tiêu diệt quân của Jalal al-Din trên sông Ấn. Jalal al-Din chạy trốn vào Ấn Độ. Thành Cát Tư Hãn truy lùng vị Shah mới này ở bờ phía nam sông Ấn một thời gian, nhưng không tìm được. Đại hãn quay trở lại phía bắc, mặc kệ Shah ở Ấn Độ.

Sau khi những trung tâm đối kháng còn lại bị tiêu diệt, Thành Cát Tư Hãn trở lại Mông Cổ, đặt một đội quân đồn trú Mông Cổ ở lại. Sự phá hủy và sáp nhập Đế quốc Khwarezmia là một nguy cơ đối với thế giới Hồi giáo, cũng như đối với Đông Âu.[14] Vùng đất mới này là một bàn đạp quan trọng cho quân Mông Cổ dưới thời Oa Khoát Đài, con trai Thành Cát Tư Hãn, để ông ta xâm lược Rus Kiev và Ba Lan, và những chiến dịch sau này đã đưa quân Mông Cổ tới tận Áo, biển Baltic và Đức. Đối với thế giới Hồi giáo, sự sụp đổ của Khwarezmia đã mở đường cho quân Mông Cổ tiến vào Iraq, Thổ Nhĩ Kỳ và Syria. Cả ba nhà nước này đều bị các Hãn về sau chinh phục.

Cuộc chiến với Khwarezmia cũng mang đến một câu hỏi quan trọng đối với việc kế vị. Khi chiến tranh bắt đầu, Thành Cát Tư Hãn đã không còn trẻ, và ông ta có bốn con trai, họ đều là những chiến binh mạnh mẽ và ai cũng có những kẻ trung thành theo mình. Mâu thuẫn đã xảy ra lần đầu tiên trong cuộc bao vây Urgench, và Thành Cát Tư Hãn buộc phải dựa vào người con thứ ba, Oa Khoát Đài, để kết thúc trận chiến. Sau khi Urgench bị tiêu diệt, Thành Cát Tư Hãn chính thức chọn Oa Khoát Đài là người kế vị, cũng như ra luật rằng các Hãn về sau phải là hậu duệ trực tiếp của Hãn trước đó. Dù luật này được thiết lập, nhưng 4 người con cuối cùng cũng mâu thuẫn, và những cuộc mâu thuẫn này thể hiện sự bất ổn trong Hãn quốc mà Thành Cát Tư Hãn tạo dựng.

Truật Xích không bao giờ tha thứ cho cha mình, và không còn cách nào hơn, là rút khỏi các cuộc chiến tranh của Mông Cổ sau này, tiến về phía bắc, nơi ông ta từ chối đến gặp Thành Cát Tư Hãn dù nhận được lệnh phải đến.[3] Thật ra, trước khi chết, Thành Cát Tư Hãn cũng dự tính một cuộc tấn công người con phản loạn này. Sự cay đắng này chuyển qua con trai của ông ta là Bạt Đô (Batu), đặc biệt là đến cháu ông, và Biệt Nhi Ca Hãn (Berke Khan) (của Kim Trướng Hãn quốc), những người đã chinh phục Rus Kiev.[10] Khi những người Mamluk Ai Cập giáng cho người Mông Cổ một trong những thất bại đáng kể nhất ở trận Ain Jalut năm 1260, hãn Húc Liệt Ngột (Hulegu Khan), một trong những cháu trai của Thành Cát Tư Hãn, con trai của Đà Lôi, người đã cướp phá Baghdad năm 1258, đã không thể trả thù thất bại đó vì người anh em họ của ông là Biệt Nhi Ca Hãn (đã cải sang Hồi giáo), đã tấn công ông ở Ngoại Kavkaz để trợ giúp Hồi giáo, và đây là lần đầu tiên người Mông Cổ đánh người Mông Cổ. Những mầm mống của cuộc chiến đó bắt nguồn từ cuộc chiến với Khwarezmia khi những người cha của họ tranh đoạt quyền lãnh đạo tối cao.[14]